Ο ΓΟΥΙΣΤΟΝ είναι επίσης γνωστός, ιδιαίτερα στους μελετητές της Αγίας Γραφής, για την αγγλική μετάφραση των συγγραμμάτων του Φλάβιου Ιώσηπου, Ιουδαίου ιστορικού του πρώτου αιώνα. Τα έργα του Ιώσηπου αποκάλυψαν πλούτο πληροφοριών για την Ιουδαϊκή ιστορία και τον κόσμο των πρώτων Χριστιανών.

Η ευφυής διάνοια του Γουίστον καταπιάστηκε με πολλά γνωστικά αντικείμενα, ιδιαίτερα με την επιστήμη και τη θρησκεία. Ο Γουίστον πίστευε ότι η Βιβλική αφήγηση για τη δημιουργία είναι ακριβής και ότι το σχέδιο, η καλαισθησία και η τάξη τα οποία είναι έκδηλα στη φύση παραπέμπουν σε έναν θεϊκό Αρχιτέκτονα.

Επιπλέον, ο Γουίστον πίστευε ότι οι εκκλησίες του Χριστιανικού κόσμου είχαν κατακερματιστεί σε πολλά θρησκεύματα επειδή ο κλήρος είχε παρεκκλίνει από την Αγία Γραφή, προτιμώντας τις αντιγραφικές διδασκαλίες και παραδόσεις των εκκλησιαστικών συνόδων και των αποκαλούμενων Πατέρων της Εκκλησίας.

Ο Γουίστον αναγνώριζε τη Γραφή ως βιβλίο πνευματικής αλήθειας και γι’ αυτό απέρριπτε την ιδέα περί αιώνιων βασάνων σε μια πύρινη κόλαση. Τη θεωρούσε παράλογη και απάνθρωπη, καθώς και προσβλητική για τον Θεό. Αυτό, όμως, που τον έβαλε σε τροχιά σύγκρουσης με τις εκκλησιαστικές αρχές ήταν το γεγονός ότι απέρριπτε την Τριάδα, τη δοξασία που ορίζει τον Θεό ως τρία ίσα και συναιώνια πρόσωπα—τον Πατέρα, τον Γιο και το Άγιο Πνεύμα—ενώ ταυτόχρονα αξιώνει ότι δεν υπάρχουν τρεις θεοί αλλά ένας.

Έπειτα από ενδελεχή έρευνα, ο Γουίστον συμπέρανε ότι η Τριάδα δεν διδασκόταν από τους πρώτους Χριστιανούς αλλά υιοθετήθηκε αργότερα, όταν η ειδωλολατρική φιλοσοφία παρεισέφρησε στη Χριστιανοσύνη. * Οι φίλοι του τον προειδοποιούσαν ότι ήταν επικίνδυνο να δημοσιεύσει τα συμπεράσματά του, αλλά εκείνος δεν μπορούσε να παραβλέψει αυτό που αντιλαμβανόταν ως διαστρέβλωση της αληθινής φύσης του Ιησού ως Γιου του Θεού και δημιουργημένου όντος.

Το Πανεπιστήμιο του Κέμπριτζ εκδίωκε από τις θέσεις τους όσους δίδασκαν ιδέες αντίθετες με το Αγγλικανικό δόγμα, πράγμα που σήμαινε ότι ο Γουίστον θα μπορούσε να χάσει την έδρα του. Εντούτοις, δεν έμεινε σιωπηλός—ανόμοια με τον Νεύτωνα, ο οποίος επίσης θεωρούσε την Τριάδα ψεύτικη διδασκαλία αλλά δεν εξέφραζε τις απόψεις του ανοιχτά. Ο Γουίστον έγραψε: «Δεν υπάρχει κανένα κοσμικό κίνητρο . . . που θα μπορούσε να με μεταπείσει».

Το 1710, ο Γουίστον εκδιώχθηκε από το Κέμπριτζ. Επειδή αρνήθηκε να συμβιβάσει τις πεποιθήσεις του, «βρέθηκε από το ακαδημαϊκό στερέωμα στο περιθώριο». Αλλά ακόμα και τότε δεν τρομοκρατήθηκε. Μάλιστα, ενώ κατηγορούνταν ως αιρετικός, έγραψε μια σειρά δοκιμίων με τον τίτλο Η Πρώιμη Χριστιανοσύνη Αναβιώνει (Primitive Christianity Revived). Με τη λέξη «πρώιμη» εννοούσε την αρχική Χριστιανοσύνη που ασκούσαν οι πρώτοι ακόλουθοι του Ιησού. Αργότερα, ο Γουίστον ίδρυσε την Εταιρία για την Προώθηση της Πρώιμης Χριστιανοσύνης, τα μέλη της οποίας συγκεντρώνονταν στο σπίτι του στο Λονδίνο.

Παρότι έχασε την έδρα του και αντιμετώπισε οικονομικές δυσκολίες για κάποιο διάστημα, ο Γουίστον συνέχισε να γράφει καθώς και να εκφωνεί διαλέξεις στα καφενεία του Λονδίνου. Το 1737, για να συμβάλει στην κατανόηση του ιστορικού πλαισίου της πρώτης Χριστιανοσύνης, εξέδωσε τη μετάφραση των συγγραμμάτων του Ιώσηπου. Αυτή η μετάφραση κυκλοφορεί μέχρι σήμερα.

Εξαιτίας της θαρραλέας αλλά αντιδημοφιλούς στάσης του, πολλοί σήμερα θεωρούν τον Γουίστον «εκκεντρική μορφή», αναφέρει ο συγγραφέας Τζέιμς Ε. Φορς. Ωστόσο, άλλοι τον θαυμάζουν ως Βιβλικό λόγιο, ως ειλικρινή ερευνητή της θρησκευτικής αλήθειας και ως άνθρωπο που ήταν αποφασισμένος να ζει σύμφωνα με τις πεποιθήσεις του.