WHISTON juga dikenal, khususnya oleh para pelajar Alkitab, sebagai penerjemah tulisan sejarawan Yahudi abad pertama, Flavius Yosefus, ke dalam bahasa Inggris. Buku The Works of Josephus banyak menyingkapkan sejarah Yahudi dan kehidupan orang Kristen masa awal.

Whiston adalah sosok yang sangat pintar dan suka mempelajari banyak topik, terutama sains dan agama. Dia yakin bahwa kisah Alkitab tentang penciptaan itu akurat dan bahwa rancangan, keanggunan, dan keteraturan yang nyata di alam menunjukkan adanya seorang Perancang, yaitu Allah.

Selain itu, Whiston yakin bahwa gereja Kristen terbagi-bagi ke dalam banyak aliran karena pemuka agama menyimpang dari Alkitab. Mereka lebih memilih ajaran dan tradisi dewan gereja dan Bapa-Bapa Gereja yang tidak berdasarkan Alkitab.

Karena Whiston mengakui Alkitab sebagai buku yang menyingkapkan kebenaran tentang Allah, dia menolak ajaran tentang siksaan kekal dalam api neraka. Dia merasa ajaran itu tidak masuk akal, kejam, dan menghina Allah. Namun, konflik utamanya dengan kalangan berwenang gereja disebabkan oleh ketidaksetujuannya akan Tritunggal. Doktrin ini menggambarkan Allah sebagai tiga pribadi, yaitu Bapa, Putra, dan Roh Kudus, yang setara dan sama kekalnya, tapi menurut gereja hanya ada satu allah, bukan tiga.

Setelah meneliti dengan saksama, Whiston menyimpulkan bahwa Tritunggal tidak diajarkan orang Kristen masa awal, tapi baru diterima belakangan sewaktu filsafat kafir menyusup ke dalam Kekristenan. * Teman-temannya memperingatkan dia bahwa hasil penemuannya ini akan membahayakan dia jika diterbitkan. Tapi, Whiston tidak bisa mengabaikan apa yang dia anggap sebagai penyalahgambaran Yesus, yang sesungguhnya adalah Putra Allah dan pribadi yang diciptakan.

Universitas Cambridge akan menyingkirkan siapa saja yang mengajarkan hal yang bertentangan dengan doktrin Anglikan. Ini berarti Whiston bisa kehilangan jabatannya. Berbeda dengan Newton, yang juga menganggap Tritunggal sebagai ajaran palsu tapi membungkam, Whiston tidak mau berdiam diri. Whiston menulis, ”Alasan duniawi apa pun . . . tidak bisa menghalangi saya.”

Pada 1710, Whiston dipecat dari Cambridge. Karena memegang teguh keyakinannya, dia ”yang tadinya sarjana terkemuka menjadi orang yang dikucilkan”. Bahkan setelah itu, dia tetap tidak takut. Nyatanya, sewaktu dituduh sebagai bidah, dia membuat serangkaian karya tulis yang berjudul Primitive Christianity Revived (Kekristenan Masa Awal Dipulihkan); ”primitive” berarti Kekristenan yang asli, yang diikuti para pengikut Yesus masa awal. Belakangan, Whiston mendirikan Society for Promoting Primitive Christianity (Lembaga untuk Memajukan Kekristenan Masa Awal), yang pertemuannya diadakan di rumahnya di London.

Meski Whiston kehilangan jabatan profesor dan untuk suatu waktu mengalami problem keuangan, dia tetap menulis dan memberikan ceramah di kedai-kedai kopi di London. Pada 1737, dia menerbitkan terjemahan tulisan Yosefus untuk membantu orang-orang mengerti sejarah Kekristenan masa awal. Ini terus dicetak sampai sekarang.

Karena pendirian Whiston yang berani tapi tidak disukai orang, dewasa ini banyak yang menganggapnya sebagai ”sosok yang aneh”, kata pengarang James E. Force. Namun, yang lain mengaguminya sebagai pakar Alkitab, pencari kebenaran agama yang tulus, dan orang yang bertekad untuk hidup sesuai dengan keyakinannya.