Erasmus fasih dalam bahasa Greek dan bahasa Latin. Oleh itu, dia dapat membandingkan terjemahan-terjemahan Bible bahasa Latin, seperti Vulgate bahasa Latin, dengan naskhah kuno Kitab Yunani Kristian, yang juga dikenali sebagai Perjanjian Baharu. Erasmus yakin bahawa semua orang perlu mengetahui ajaran Bible. Maka dia berpendapat bahawa Kitab Suci harus diterjemahkan ke dalam bahasa yang digunakan dalam kehidupan seharian.

Erasmus mengesyorkan pembaharuan dalam gereja Katolik, kerana dia percaya bahawa ajaran agama Kristian bukan sekadar upacara, tetapi patut membimbing cara hidup orang. Akibatnya, apabila orang mula menuntut reformasi atau pembaharuan dalam Gereja Rom, Erasmus menjadi suspek utama pihak gereja.

Dalam tulisannya, Erasmus mendedahkan penyalahgunaan kuasa pemimpin gereja, mengkritik gaya hidup mereka yang mewah, dan mengecam paus yang menyokong peperangan. Dia membantah tindakan para pemimpin gereja yang memperalatkan adat istiadat gereja seperti pengakuan dosa, pemujaan santo, puasa, dan perjalanan melawat tempat suci, untuk mengaut keuntungan. Erasmus juga menentang amalan gereja yang menjual surat pengampunan dosa dan melarang anggota gereja yang berpangkat daripada berkahwin.

Pada tahun 1516, Erasmus menerbitkan edisi pertama Perjanjian Baharu dalam bahasa Greek, iaitu Kitab Yunani Kristian pertama yang pernah diterbitkan dalam sejarah. Edisi itu juga mengandungi catatan tambahan dan Perjanjian Baharu bahasa Latin terjemahan Erasmus, yang agak berbeza daripada Vulgate. Selepas itu, Erasmus mengemaskinikan terjemahannya lalu terhasillah edisi yang sangat berbeza daripada Vulgate.

Salah satu perbezaannya terdapat di 1 Yohanes 5:7. Dalam Vulgate, terdapat satu ayat yang dipanggil comma Johanneum, yang ditambahkan untuk menyokong ajaran Tritunggal. Ayat itu berbunyi, “Di syurga, terdapat Bapa, Firman, dan Roh Kudus. Ketiga-tiganya ialah satu.” Namun, Erasmus tidak memasukkan ayat itu dalam edisinya yang pertama dan kedua, kerana naskhah-naskhah Yunani yang dikajinya tidak mengandungi ayat itu. Tetapi pihak gereja memaksanya untuk memasukkan semula ayat itu dalam edisinya yang ketiga.

Perjanjian Baharu bahasa Greek yang diterbitkan oleh Erasmus telah menjadi dasar untuk menghasilkan terjemahan Kitab Yunani yang lebih baik dalam bahasa-bahasa Eropah. Martin Luther, William Tyndale, Antonio Brucioli, dan Francisco de Enzinas, telah menggunakan hasil kerja Erasmus untuk menterjemahkan Kitab Yunani ke dalam bahasa Jerman, Inggeris, Itali, dan Sepanyol.

Erasmus hidup pada masa pergolakan agama, dan para penyokong Reformasi Protestan menganggap Perjanjian Baharu bahasa Greek yang diterbitkannya sangat bernilai. Sesetengah orang menganggap bahawa Erasmus juga menyokong reformasi agama. Namun, semasa perdebatan hangat tentang agama tercetus, Erasmus enggan menyebelahi mana-mana pihak. Yang menariknya, lebih daripada 100 tahun yang lalu, seorang cendekiawan yang bernama David Schaff menulis bahawa Erasmus “meninggal tanpa diakui oleh mana-mana agama. Gereja Katolik tidak mengakuinya sebagai anggota gereja; pihak Protestan juga tidak menerimanya.”