WHISTON is vooral onder Bijbelkenners bekend om zijn vertaling in het Engels van de werken van Flavius Josephus. De geschriften van deze eerste-eeuwse Joodse historicus bevatten veel informatie over de Joodse geschiedenis en de wereld van de eerste christenen.

Whiston had een scherp intellect en hij verdiepte zich in allerlei onderwerpen, vooral in wetenschap en religie. Hij was overtuigd van de nauwkeurigheid van het Bijbelse scheppingsverhaal en zag in het verfijnde ontwerp en de orde in de natuur bewijzen voor het bestaan van een goddelijke Architect.

Bovendien was hij ervan overtuigd dat de kerken in allerlei denominaties versplinterd waren omdat de geestelijken waren afgeweken van de Bijbel. Hij was van mening dat ze de voorkeur gaven aan onbijbelse leerstellingen en overleveringen van concilies en zogenoemde kerkvaders.

Omdat Whiston de Bijbel zag als een boek van religieuze waarheid, verwierp hij het idee van eeuwige pijniging in een hellevuur. Hij vond dat absurd, wreed en een belediging voor God. Maar wat hem vooral in de problemen bracht met de kerk was dat hij de Drie-eenheidsleer afwees, die zegt dat God bestaat uit drie gelijkwaardige en eeuwige personen: de Vader, de Zoon en de Heilige Geest. Toch zijn er volgens die leer niet drie goden, maar één.

Door zorgvuldig onderzoek kwam Whiston tot de conclusie dat de eerste christenen de Drie-eenheid nooit hadden onderwezen maar dat die pas later onder invloed van heidense filosofieën deel was gaan uitmaken van de kerkleer. * Zijn vrienden waarschuwden hem dat hij gevaar liep als hij zijn bevindingen bekend zou maken. Maar hij kon niet voorbijgaan aan wat hij zag als een verkeerde voorstelling van Jezus’ ware natuur als de Zoon van God en een geschapen wezen.

Aan de Universiteit van Cambridge was geen ruimte voor personen die ideeën onderwezen die tegen de anglicaanse leer ingingen, wat betekende dat Whiston zijn leerstoel kon kwijtraken. Maar hij hield zich niet stil — in tegenstelling tot Newton, die de Drie-eenheid ook als een valse leer zag maar daar niet openlijk over sprak. Whiston schreef: „Geen enkel werelds motief (...) zal me kunnen weerhouden.”

In 1710 werd Whiston weggestuurd van Cambridge. Omdat hij geen compromis wilde sluiten, veranderde hij volgens sommigen van een gerenommeerd geleerde in een paria. Toch liet hij zich niet intimideren. Terwijl hij werd beschuldigd van ketterij, schreef hij zelfs een serie verhandelingen over het oorspronkelijke christendom, Primitive Christianity Revived. Later richtte hij een vereniging ter bevordering van het vroege christendom op (Society for Promoting Primitive Christianity), die in zijn huis in Londen samenkwam.

Hoewel Whiston zijn leerstoel kwijtraakte en hij een tijdlang krap bij kas zat, bleef hij schrijven en lezingen houden in koffiehuizen in Londen. In 1737 publiceerde hij zijn vertaling van de werken van Josephus om meer inzicht te geven in de historische context van het vroege christendom. Zijn vertaling is nog steeds in omloop.

Whiston wordt vanwege zijn moedige maar impopulaire standpunt door velen nog steeds gezien als „een onconventioneel figuur”, zegt de schrijver James E. Force. Maar anderen zien hem als een Bijbelgeleerde die naar religieuze waarheid zocht en consequent aan zijn overtuiging vasthield.