WHISTON je tiež známy — a to najmä tým, ktorí študujú Bibliu — svojím prekladom spisov Josepha Flavia, židovského historika z prvého storočia. Jeho dielo s názvom The Works of Josephus prinieslo viac svetla do histórie Židov a života raných kresťanov.

Whistonov prenikavý intelekt sa prejavil v mnohých oblastiach, hlavne vo vede a v náboženstve. Whiston bol presvedčený, že biblická správa o stvorení je presná a že elegancia, poriadok a zložitosť v prírode poukazujú na božského Architekta.

Whiston bol toho názoru, že cirkvi kresťanstva sa rozdrobili do mnohých denominácií preto, lebo duchovenstvo sa odchýlilo od Biblie a uprednostnilo nebiblické náuky a tradície, ktoré zaviedli cirkevné koncily a takzvaní cirkevní Otcovia.

Keďže Whiston uznával, že Biblia zjavuje o Bohu pravdu, zavrhol predstavu večných múk v ohnivom pekle. Tvrdil, že táto absurdná a krutá predstava uráža Boha. Cirkevné vrchnosti si však najviac znepriatelil odmietnutím náuky o Trojici. Podľa tejto náuky tvoria Boha tri osoby, ktoré sú si navzájom rovné a rovnako večné — Otec, Syn a Svätý Duch —, a predsa to vraj nie sú traja bohovia, ale jeden.

Po dôkladnom výskume Whiston dospel k záveru, že raní kresťania neučili, že Boh je Trojica. Zistil, že táto náuka sa dostala do kresťanstva až neskôr, prostredníctvom pohanskej filozofie. * Whistona jeho priatelia varovali, že ak svoje závery zverejní, vystaví sa nebezpečenstvu. On však nemohol ísť proti tomu, čo svojím výskumom zistil — že táto náuka prekrúca Ježišovu pravú podstatu ako Božieho Syna a stvorenej bytosti.

Cambridgeská univerzita nedovolila zastávať úrad nikomu, koho názory boli v rozpore s učením anglikánskej cirkvi. Whiston tak mohol prísť o svoje profesorské kreslo. No on, na rozdiel od Newtona, ktorý sa odvážil označiť Trojicu za falošné učenie len v súkromí, nezostal ticho. Whiston napísal: „Nič, čo mi môže ponúknuť tento svet, ma neumlčí.“

V roku 1710 bol Whiston z univerzity prepustený. Keďže sa odmietol vzdať svojho presvedčenia, „zo slávneho akademika sa stal vydedenec“. Ani to ho však nezastrašilo. Dokonca v čase, keď bol obvinený z kacírstva, napísal sériu esejí nazvanú Primitive Christianity Revived (Obnova prvotného kresťanstva). Whiston použil v názve slovo „prvotné“, aby poukázal na pôvodné kresťanstvo, ktoré vyznávali Ježišovi raní nasledovníci. Neskôr založil Spoločnosť na podporu prvotného kresťanstva, ktorá sa stretávala v jeho londýnskom dome.

Hoci prišiel o svoje profesorské kreslo a istý čas mal aj finančné ťažkosti, ďalej písal a prednášal v londýnskych kaviarničkách. V roku 1737 publikoval svoj preklad Josephových spisov, ktorý mal ľuďom pomôcť pochopiť, v akom svete žili kresťania v prvom storočí. Tento preklad je publikovaný až dodnes.

Spisovateľ James E. Force hovorí, že mnohí dnes považujú Whistona pre jeho odvážny, ale nepopulárny postoj za „výstrednú osobnosť“. Iní ho však obdivujú ako biblického učenca a človeka, ktorý sa úprimne usiloval nájsť náboženskú pravdu a ktorý sa rozhodol žiť v súlade so svojím presvedčením.